Zwiedzając polskie miasta można zauważyć pewną prawidłowość, a mianowicie większość obiektów turystycznych to kościoły. Dlaczego? Ponieważ od chwili przyjęcia chrztu przez Polskę, budownictwo sakralne stało się niemal najważniejszym. To właśnie na budowę kościołów robiono składkę całej społeczności, która oddawała co miała, by we wsi stanął jak najpiękniejszy Dom Boży. Historia Polski zapisana jest niemalże na murach niektórych świątyń. Niektóre kościoły to prawdziwe perełki architektoniczne, dlatego każdy turysta odwiedzający polskie miasta, chcąc poznać ich historię, musi zajrzeć przynajmniej do jednego kościoła. A obok kościołów często organizowano cmentarze, na których można odwiedzić groby wielkich Polaków, groby o pięknych posągach. Pod tym względem Zielona Góra nie różni się od innych miast polskich.
Kościół św. Trójcy jest niewątpliwie jednym z punktów poznawania historii Zielonej Góry pomimo,że już nie istnieje. Wybudowany w 1588 roku dla ludności ewangelickiej, zamieszkującej pobliskie wsie, nazywany jest polskim kościołem. Pierwszy pastor nazywał się Jan Ramicki. Obok kościoła znajdował się cmentarz protestantów. Mimo to przez dziesięciolecia trwały spory miedzy katolikami a protestantami o użytkowanie i własność gruntów kościelnych. Ostatecznie, w 1651 roku ostatni duchowny ewangelicki opuścił miasto oraz kościół, a budynek oraz ziemie przeszły w ręce katolików. Od 1672 roku kościół służył jako kaplica cmentarna dla katolików. Ewangeliści musieli wystawiać ciała zmarłych w szkole miejskiej. Wciąż jednak sprawa własności kościoła nie była zamknięta, więc w 1747 roku powołano komisję, która miała ostatecznie rozwiązać tę kwestię. I tak po trzech latach prac komisja orzekła, że z kaplicy mają prawo korzystać zarówno katolicy jak i protestanci. I tak też było do 1809 roku, kiedy to rozebrano ją ze względu na zły stan techniczny. Dziś na miejscu cmentarza stoi sąd oraz część zabudowań uniwersyteckich, natomiast na miejscu kapliczki znajduje się Nowy Rynek.
Innym ważnym z punktu widzenia dziejów miasta i Zielonogórzan jest kościół Matki Boskiej Częstochowskiej. Kościół stoi do dzisiaj przy placu Powstańców Wielkopolskich. Kościół powstał dla zboru ewangelickiego w latach 1746-1748. Jest to jeden z najstarszych i najbardziej charakterystycznych kościołów w Zielonej Górze. Zbudowany na planie krzyża, powstał z cegły i kamienia uzyskanych z Wieży Głodowej, którą rozebrano ze względu na bardzo zły stan techniczny. Wieża kościoła została dobudowana w 1828 roku, choć plany kościoła od początku przewidywały jej budowę, lecz w późniejszym terminie. Zegar na wieży pochodzi z Berlina. Kościół zachował oryginalny rokokowy ołtarz główny, ambonę z połowy XVIII wieku oraz kamienną chrzcielnicę z 1755 roku. Można tu także zobaczyć rzeźbione, kamienne płyty nagrobne wmurowane w ściany kościoła. W kościele znajduje się obraz Matki Bożej wzorowany na najsłynniejszym jej portrecie z Jasnej Góry.