Stosunki polsko-żydowskie od czasów zakończenia II wojny światowej miewały swe upadki, kryzysy i polepszenia. Faktem jest, że oba narody mają wspólną historię, z którą muszą się zmierzyć. Losy obu narodów są w wielu miejscach powiązane, mocno splecione. Kultury obu narodów się przenikały i uzupełniały. Obok kościołów katolickich stały i nadal stoją synagogi. Tak jest właśnie w Zielonej Górze.
Żydzi w Zielonej Górze zamieszkiwali w niewielkiej liczbie. I choć nie była to liczna społeczność, to na pewno była dość wpływowa. Niestety, nie miała prawa do zakupu gruntów na własność, a to oznaczało, że nie mieli własnego cmentarza czy miejsca kultu, czyli synagogi. Aby pochować członka wspólnoty żydowskiej, należało zgłosić się do władz, a te udostępniały specjalnie wydzieloną kwaterę na cmentarzu przy kościele św. Trójcy lub cmentarzu Jakubowym. Zakaz zakupu ziem został zniesiony królewskim dekretem z 1812 roku. To spowodowało, że Zachariasz Anders, zielonogórski adwokat, doktor praw i starszy kahału gminy żydowskiej wystąpił do władz miasta o możliwość nabycia ziemi pod cmentarz. Zgoda została wydana, a gmina mogła rozpocząć prace przygotowawcze teren do rozpoczęcia pochówków. Cmentarz ten został okrzyknięty najpiękniejszym przykładem sztuki ogrodowej na Dolnym Śląsku. Pochówki były możliwe od 1814 roku.
W latach 1882-1883 na dzisiejszym placu Powstańców Wielkopolskich wybudowano synagogę. W 1883 roku została poświęcona i od tej pory mogła już być wykorzystywana jako miejsce praktyk religijnych Zielonogórzan wyznania mojżeszowego. W końcu Żydzi mieli swoje miejsce modlitw oraz ostatecznego spoczynku.
Budynek synagogi był murowany, a całość została oparta o plan prostokąta w stylu mauretańsko-eklektycznym. Fasada zewnętrzna była dość monumentalna, a zwieńczało ją półkole z okrągłym okienkiem i dwie szpiczaste wieżyczki, a do tego płaska kopuła pokrywająca znaczną część dachu.
Zawirowania historii, zwłaszcza bardzo trudny dla Żydów czas tuż przed i w trakcie II wojny światowej, to niestety okres niszczenia dóbr żydowskich, wliczając w to świątynie i nekropolie. Podczas tak zwanej kryształowej nocy z 9 na 10 l listopada 1938 roku nieznani sprawcy dokonali ogromnych zniszczeń świątyni. Synagoga nie została odbudowana po wojnie, gdyż nie było ku temu odpowiedniego klimatu politycznego. Na jej miejscu stanął dzisiaj gmach Filharmonii Zielonogórskiej. Podobny los spotkał cmentarz żydowski, który zarósł roślinnością, nie pielęgnowany. Dzisiaj można jedynie rozpoznać niektóre gatunki starodrzewia.
W 2007 roku udało się odzyskać karafkę liturgiczną ze świątyni. Sprowadzona została z Niemiec dzięki staraniom Lubuskiej Fundacji Juaica. Na miejscu synagogi odsłonięto obelisk, na którym napisano, iż w tym miejscu stała synagoga zniszczona przez nazistów 9/10 X 1938.